คณะประมงมีการแบ่งส่วนราชการดังต่อไปนี้

1. สำนักงานเลขานุการ

2. ภาควิชาการจัดการประมง
           ศูนย์พัฒนาชายฝั่ง

3. ภาควิชาชีววิทยาประมง

4. ภาควิชาผลิตภัณฑ์ประมง
           ศูนย์ปฏิบัติการวิเคราะห์ผลิตภัณฑ์ประมง

5. ภาควิชาเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ
           ศูนย์ปฏิบัติการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำจืดวิทยาเขตบางเขน

6. ภาควิชาวิทยาศาสตร์ทางทะเล

7. ฝ่ายสนับสนุนวิชาการ

ห้องสมุดสุรีย์ วิมลโลหการ		พิพิธภัณฑ์ธรรมชาติวิทยาประมง
ศูนย์คอมพิวเตอร์คณะประมง		โรงงานต้นแบบแปรรูปอาหารสัตว์น้ำ
ศูนย์พัฒนาเทคโนโลยีอาหารสัตว์น้ำ		โรงงานต้นแบบแปรรูปสัตว์น้ำ
สถานีวิจัยประมงกำแพงแสน		สถานีวิจัยประมงคลองวาฬ
สถานีวิจัยประมงสมุทรสงคราม		สถานีวิจัยประมงกำแพงแสน
สถานีวิจัยประมงศรีราชา (เรือสำรวจวิจัยเกษตรศาสตร์ 1) และ (เรือสำรวจวิจัยเกษตรศาสตร์ 2)
ศูนย์วิจัยและถ่ายทอดเทคโนโลยีปลาสวยงามและพรรณไม้น้ำประดับ
โครงการจัดตั้งสถานีวิจัยประมงลพบุรี